Pour indiquer une destination dans le descripteur de maven assembly et ne pas avoir le warning suivant :

[INFO] --- maven-assembly-plugin:3.1.1:single (create-archive) @ monArchive ---
[INFO] Reading assembly descriptor: assembly.xml
[WARNING] The assembly descriptor contains a filesystem-root relative reference, which is not cross platform compatible /dir1
[WARNING] The assembly descriptor contains a filesystem-root relative reference, which is not cross platform compatible /dir2

Il faut utiliser la variable de maven ${file.separator} ainsi :

<fileSets>
        <fileSet>
            <directory>${project.basedir}/dir1</directory>
            <outputDirectory>${file.separator}dir1</outputDirectory>
        </fileSet>
        <fileSet>
            <directory>${project.basedir}/dir2</directory>
            <outputDirectory>${file.separator}dir2</outputDirectory>
        </fileSet>
</fileSets>

Ainsi les répertoires dir1 et dir2, situés à la racine du projet, seront placés à la racine du répertoire de destination